获取初始三只口袋妖怪（妙蛙种子、小火龙、杰尼龟）是游戏的核心流程之一。游戏开始时，玩家需要前往真新镇的大木研究所，从桌上的三个精灵球中选择一只作为初始伙伴。这三只妖怪分别对应草系、火系和水系，选择后将直接影响前期战斗策略。需劲敌小茂会随即选择属性克制玩家的妖怪，因此初始选择需谨慎考虑。
除了初始选择外，玩家无法在野外直接捕捉这三只妖怪，但可以通过特殊方式获得另外两只。在击败四大天王并完成一周目后，玩家可前往七岛区域，在一之岛的宝可梦中心与NPC对话，用特定条件交换或领取其余两只初始妖怪。部分版本的火红可通过游戏内事件或通信交换补全图鉴，但需确保游戏进度达到相应要求。
在月见山深处击败火箭队成员后，玩家可从两块化石中选择其一（化石盔或菊石兽），之后在红莲岛的宝可梦研究所复活为对应的古代妖怪。虽然这不是初始三只，但化石妖怪同样具备独特的战斗价值，可作为队伍补充。若玩家希望集齐全部初始妖怪，需通过多人联机或特定版本存档交换实现。
部分特殊活动中可能限时赠送初始妖怪，但这类机会较为罕见且依赖官方安排。对于单机玩家而言，合理规划初始选择并利用游戏内交换机制是更可行的方案。需注意，不同版本的火红可能存在细微差异，建议参考具体版本的攻略确认细节。
获取全部三只初始妖怪需要结合主线进度、特殊事件及外部交互。玩家应在早期明确收集目标，并优先完成关键剧情以解锁相关区域。游戏中的妖怪培养系统也为后续战斗提供了多样化选择，因此不必过度纠结初始阵容的局限性。
